איור .5 שלבים מוצעים בתהליך השיקום של אקוסיסטמות ימיות. .1 אפיון/הערכה של המערכת טרם תחילת יישום השיקום (השפעות גורמי עקה בסביבה הנתונה, הקישוריות בין האתרים הנשקלים לשיקום וזיהוי גורמים שמשפיעים על יכולת ההתאוששות של השונית), .2 בחירת אתרי היעד לשיקום וקביעת מטרות מוגדרות לשיקום (מבוססת על ממצאי שלב .3 ,(1 בחירת שיטות השיקום, .4 קביעת אסטרטגיית השיקום (כחלק מהממשק הסביבתי המקומי-אזורי) וביצוע פעולות השיקום, .5 ניטור המערכת לכל אורך ביצוע פעולות השיקום ולאחריהן, והערכת השפעות השיקום והישגיו.