יונתן רשם ביומן, יום יום, את מעשיו בעבודתו. בידינו נותר רק היומן משנת תשל"ו, שנת חייו האחרונה. הנה כאן שני רישומים: מן הרישום הראשון נוכל ללמוד כי בערב יום הכיפורים הוא נטע עצים בעפרה; (את השתילים הוא קנה בעצמו, ובנטיעה השתתף גם רם‭.(‬ למחרת החג הוא השכים בשעה ‭,4.45‬ עבד ביכביש אלון, אחר־כך בעפרה, עד סיום יום העבודה אחרי 8 בערב. (רישומי היומן כולו מראים שלא היה זה יום חריג‭.(‬ הרישום השני, בעמוד הבא, הוא מיום ט' באייר ‭9)‬ במאי ‭:(1976‬ יונתן עובד באיזור מעלה אדומים, חוזר לירושלים, ובא לעפרה לט