ספר פגיון האמונה מוכר בעיקר במהדורת דפוס ליפסיה ( לייפציג ) משנת , 1687 היא מהדורת קרפצוב , ( Carpazov ) וכן בצילומיה . 39 לדברי חן מרחביה , מהדורה זו מבוססת על ארבעה כתבי יד , אך ברובם לא הובאו המקורות העבריים — לדעת מרחביה משום שהללו היו קשים להעתקה למעתיקים הנוצרים . אולם מתיאורו של פ"פ פומגלי עולה תמונה מורכבת יותר של עדי הנוסח של הספר , ותמונה זו משתנה על פי חלקיו השונים . פומגלי מתאר ארבעה עשר כתבי יד של החיבור , מדרג אותם לפי ערכם , תוכניהם ומצבם הפיסי ואף מציג אילן יוחסין של כתבי היד העיקריים . נראה שעורך הספר במהדורת קרפצוב הכיר את מדרש בראשית רבה על פי אחת ממהדורות הדפוס שאחרי המהדורה הראשונה של המדרש ( קושטא , . ( 1512 בדרשה על הבתולה הנזכרת לעיל ( על הפסוק "ופרעה חולם" [ בראשית מא , א ([ נזכרת פרשה 89 בבראשית רבה : Bereschit Rabba priori , sive Bereschit Rabba Rabbi Mosis . Hadarsan Parascha 89 ואמנם ברוב כתבי היד והדפוסים — אך לא בדפוס הראשון 42 — נמצאות הדרשות ל"ופרעה חולם" בפרשה פט . אברהם אפשטיין , שהתעניין במיוחד בר' משה הדרשן , העתיק מספר פגיון האמונה את רוב הקטעים שב...
אל הספר