במקומות שאפשר לטעות בהבנת הכתוב הוכנסו סימני פיסוק . הדבר נעשה בעיקר אחרי תיבות הנמשכות ושיש חשש שהקוראים ימשכו אותן לפנים . לפני פסוקית הפותחת במילית או בווי"ו לא נרשם סימן אלא במקרים מיוחדים , כגון לציון עניין חדש . במקום שיש בכתב היד רווח מכוון לא צוין סימן . די בפיסוק של הסופר . כמו כן לא הוכנסו סימני פיסוק לפני מובאות מן המקרא , שכן אלה הובדלו המחבר באותיות קטנות . הציונים "שוליים עליונים" ו"שוליים תחתונים 11 הובאו בקטעי המגילות ששרדו בהם שוליים . השוליים או השמאליים ניכרים כמהדורה בכך שאין סוגריים לציון החקר . כאשר הטקסט שבתחילת או בסופן חסר קשה לקבוע את גודל החסר . אם אין נתונים מספיקים השיעור נקבע על פי טורים בכתב היד והקוראים ישפטו בכל מקום עד כמה הדברים מבוססים . הציון "חסרות שורות" משמש שאין רצף בין טורים או בין קטעי טורים ובדרך כלל צוין המספר המשוער של השורות החסרות .
אל הספר