עין זיתון בגניזה הקהירית נשתמרה תעודה , כנראה מן המאה הי"ג , ובה נמסר על "אלעזר ב' ישעיהו החזן נע בעיר עין אל זיתון ; " פיסת מידע זו מרמזת על כך שכבר בתקופה מוקדמת זו היה קיים ישוב יהודי בעין זיתון . חוקרים רבים סוברים שעין זיתון נשארה מיושבת יהודים מאז ועד למאה הט"ז , שבה מוזכר במפורש ישוב יהודי . אולם אין לנו הוכחה לרציפות הישוב , יתירה מזאת , הדבר אינו נראה אפשרי בשל הנאמר בשני מקורות מן המאה הט"ו י רי יצחק אבן אלפרא מן העיר מלגה שבספרד מזכיר בשנת 1441 רק בית קברות יהודי בעין זיתון ואין הוא מדבר על ישוב יהודי . אולם עלינו לזכור , שענינו היה בדרך כלל בקברים בלבד . לעומתו , אלמוני , תלמידו של ר' עובדיה מברטינורו , שביקר באזור בשנת ; 1495 סוקר בקפידה כל קהילה יהודית שבה נפגש בדרכו . על עין זיתון הוא מספר -. "רחוק מסאפיטה * תחום שבת יש קברות התנא ר' יהודה בר' אלעי ושם כפר קטן , נקרא עין זיתון , ועל הקבר יש ציון יפה ומדליקים בו נרות . " הוא פגש בערביה שאף היא מדליקה שם נרות . הוא מוסיף ומספר שהערבים מכבדים את המקום . תיאור זה מצביע על כך , שלא היו יהודים במקום
אל הספר