במשך למעלה משישים וחמש שנה הקדיש גרשם שלום מאמצים רבים לבניין ספרייתו , אשר הועברה לאחר פטירתו , בהתאם לדבריו בצוואתו , לאולם קריאה מיוחד בקומת אולמי הקריאה בבית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי בירושלים . קטלוג ספרייה זו מוגש עתה לקורא ולחוקר . שלום ביקש לקבץ בספרייתו את כל המקורות והמחקרים הנדפסים הנוגעים במיסטיקה היהודית על כל פרקיה , ענפיה ותקופותיה . הדבר עלה בידו , וספרייה זו היא יחידה במינה בין אוספי הספרים בארץ . היא מוקדשת לנושא אחד , שאת גבולותיו מבחינה מקצועית קבע שלום עצמו במחקריו הרבים והמפורטים . בתוך נושא זה - תורת הסוד היהודית - כוללת הספרייה מיצוי כמעט שלם של כל החומר הנדפס הנוגע לדבר , לרבות קטעי עיתונות , תדפיסים , צילומי דפים מתוך ספרים נדירים , וחומר רב ומגוון מסוגים שונים . השאיפה לקבץ את ספרותה של תורת הסוד היהודית על כל פרקיה בספרייתו האישית קיננה בלבו משעה שהחל לעסוק בתחום זה , בטרם מלאו לו עשרים שנה . כמה וכמה פרקים בספרו האוטוביוגרפי "מברלין לירושלים " מוקדשים לנושא זה . בגרמניה שלאחר מלחמת העולם הראשונה , בחברתם של אישים כזלמן שוקן , מרטין בובר ושמואל יוסף עגנון ...
אל הספר